Pirmoji medinė Krakių bažnyčia buvo pastatyta 1478 m.suteikiant jai šv. evangelisto Mato titulą. Dabartinė mūrinė bažnyčia parapijiečių lėšomis ir klebonų kun. L. Mikonio, I. Vitkaus ir I. Vidmanto rūpesčiu pastatyta 1897 – 1908 m. Klebonas K. Marma 1931 m. pasirūpino jos dekoru, o 1995 m. klebono R. Ramašausko pastangomis atlikto remonto metu sudėti vitražai, naujos grindys, vidus  išdažytas baltai. Bažnyčia turi neogotikos ir neobaroko bruožų.

Krakių parapijai ilgiausiai vadovavo klebonas kun. Romualdas Ramašauskas (1990 – 2004 m.). Jis Krakėse įsteigė Švč. Mergelės Marijos parapijos vaikų globos namus, senelių namus. Krakėse klebonas R. Ramašauskas užaugino ir į gyvenimą išleido per 100 našlaičių bei tėvų apleistų vaikų. Amžių sandūroje (1999 – 2000 m.) šio klebono rūpesčiu Laisvės aikštėje pastatytas V. Ulevičiaus paminklas ,,Taikos angelas“, kurio pamatuose buvo įmūryta kapsulė su klebono bei parapijiečių pasirašyta Taikos malda.

2008 m. klebono Žydrūno Paulausko  iniciatyva buvo  iškilmingai pažymėtas bažnyčios šimtmetis bei Šiluvos Dievo Motinos 400 metų jubiliejus. Šventoriuje pastatyti paminklai: V. Ulevičiaus Rūpintojėlis (fundatoriai N. Danilčenko, A. Armalas ir J. Dalbokas), bei J. Meškuočio skulptūra, skirta bažnyčios statytojams. Šalia paminklų Skinderiškių dendrologinio parko įkūrėjas Kęstutis Kaltenis pasodino dvi magnolijas, netoliese auga Vaclovo Vito Lietuvos vardo tūkstantmečiui atminti pasodintas ąžuoliukas.

Nuo 2010 m. Krakių parapijos klebonas – Emilis Jotkus, kuriam priskirtos  Pajieslio ir Gudžiūnų bažnyčios. Didelis klebono rūpestis – parapijiniai senelių namai, įkurti 1995 m., kuriuose nuolat glaudžiasi apie 16 vienišų, artimųjų apleistų ir  nuolatinės globos reikalaujančių senukų. Juos prižiūri ilgametė darbuotoja Aldona Tamošaitienė.